平成13年11月30日から平成14年12月31日までの間に取得等をした特定上場株式等のうち、取得対価の額の合計額が1,000万円に達するまでのものを平成15年から平成16年までの2年間保有したのち、平成17年1月1日から平成19年12月31日までの間に譲渡した場合は、その譲渡益については非課税とされます。

この規定の適用を受ける場合には「特定上場株式等非課税適用選択申告書」確定申告書の提出期限までに提出しなければなりません。

ただし、「源泉徴収あり」の特定口座で譲渡した上場株式等の譲渡益については適用することができません。

「源泉徴収あり」の特定口座を開設する人については、証券会社がその譲渡益について、10％（所得税7％、住民税3％）の税率で源泉徴収してくれますので、確定申告の必要はありません。

ただし、源泉徴収ありを選択した人でも、上場株式等の譲渡について譲渡損が出ている場合には、その譲渡損の金額を翌年以降に繰り越すために確定申告をする必要があります。

また、1年間に源泉徴収された金額が実際の譲渡益の10％を超えている場合や別の証券会社の特定口座の損益や一般口座の損益と株式の譲渡所得等を通算する場合にも確定申告が必要となります。

株式の譲渡損益を確定申告する人は、株式売却金額から必要経費である取得費と譲渡費用（証券会社の手数料など）を差し引いて、株式の譲渡損益を算出しなければなりません。また、2回以上にわたって同一銘柄の株式等を取得した場合の取得費は同一銘柄の取得費を平均して一株当りの取得費を計算し、その譲渡した株数を乗じて算出します（総平均法に準ずる方法）。

なお、平成15年1月1日から平成22年12月31日までの間に譲渡した上場株式等で平成13年9月30日以前に取得したものの取得費は、平成13年10月1日の終値の80％相当額とすることができます。